Несколько веков подряд клан Ига был главной силой организации ниндзя. В других частях Японии существовали меньшие группы, поскольку в эпоху Сингоку они возникали по всей Японии. Внутри этих групп шпионов, диверсантов и убийц развивались два суперклана — Ига в префектуре Миэ и беспощадные Кога в префектуре Сига.
Интересно, что Сига расположена по соседству с Миэ. Ига и Кога населяли один и тот же горный хребет, жили в двух долинах, разделенных горой. Полностью изолированные от внешнего мира, они жили как крестьяне и знали лекарственные растения, растущие в этой местности, умели предсказывать погоду и занимались сельским хозяйством.
Со временем среди сегунов выделились великие военачальники, которые постепенно объединили Японию, такие как Такеда Синген, Ода Нобунага и, возможно, величайший военачальник в Японской истории, Токугава. Все они использовали ниндзя для того, чтобы сохранить контроль над страной посредством создания всеобщей шпионской сети.
В 1578 г. Нобунага воспылал пламенной ненавистью к Ига–ниндзя и послал армию, чтобы наказать их. Когда армия достигла долины Ига, ниндзя исчезли. Солдаты уничтожили урожай, сожгли дома и подожгли лес на горе. На следующий год Нобунага послал в долину Ига восьмитысячную армию. Ниндзя, которые прятались в горах, напали на солдат и выбили их из долины. В 1581 г. Нобунага решил полностью уничтожить Ига, убив всех мужчин, женщин и детей. На этот раз он послал 50 тысяч солдат в том числе — ниндзя из других кланов. Ига сражались с 4 тысячами ниндзя в течение месяца. Когда стало ясно, что одержать победу не удастся, Ига рассеялись по всей Японии. Спустя несколько лет, однако, Ига воссоединились, и небольшие группы были организованы во многих районах страны.
Кога–ниндзя состояли из 53 семей. Они специализировались в медицине и в области взрывчатых веществ, изобрели много приспособлений и видов оружия, используемых ниндзя. Хотя Кога–ниндзя были весьма малочислены, они являлись элитной силой и были вторым известнейшим кланом после Ига в анналах ниндзя.